Приблизительно один год прошёл начиная с истории меченного.
Вы - военный лейтенант Прибой Слипченко, и Вас послали в Зону...
Была секретная организация, названная UHSF, и они были ответственны за инцидент.
Они базировались в Мертвом Городе (Лиманск?), но наемники выгнали их в конце 80-ых.
Организация развалилась, и последние живущие члены исчезли.
Так или иначе эта история связана с Меченным, и Вы в конечном счете узнаете каким образом. Более чем 20 важных классифицированных документов были скрыты в зоне, и Вы будете должны найти, что бы разгадать загадку (сложить мозаику воедино).
Вы будете должны быть "Шерлоком Холмесом", и ”рыть” глубже в зоне так, как Вы не делали этого прежде.
Если Вы найдете пропавший документ, то Вы будете должны прочитать это, чтобы получить информацию, или получить некоторые подсказки о том, где искать следующий документ. Вы находитесь в Зоне снова, но всё изменилось. Зона стала намного опаснее (сократим это).
Наемники получили контроль на фабрике Агропром, и вооруженные силы были отброшены обратно к Кордону.
Вы могли бы быть их единственной надеждой...

В начале игры, Вы будете должны прочитать PDA, и делать это почаще, это будет полезно для Вас.
После того, как Вы поговорите с военным командующим и майором, не забудьте поговорить с его приятелем.
Он – первый парень на деревне, то бишь главный барыга.
Почти каждая беседа была переписана, короче говоря, отныне Сталкеры будут вешать лапшу на уши в больших кол-вах.
В течение ваших миссий, вы увидите Зону Отчуждения со стороны другого персонажа.
Вы узнаете много тайн, которых Вы не смогли найти в истории Меченного...
Вы сможете встретиться со Стрелком, Доктором, и конечно Dezik Lohnar (dezodor), Kanyhalos, NatVac, Don Reba, Серым, Darius6 и большим количеством важных персонажей.